Το τμήμα Χημείας ΑΠΘ διοργανώνει τα παρακάτω ΠΜΣ:
- Επιστήμη και Τεχνολογία Ηλεκτροχημικών Συστημάτων
- Έλεγχος Ποιότητας – Χημική Ανάλυση – Περιβάλλον
- Φυσικές και Χημικές Μέθοδοι Διάγνωσης Φθοράς Υλικών Πολιτιστικής Κληρονομιάς
- Χημική Τεχνολογία και Βιομηχανικές Εφαρμογές
- Συνθετική Χημεία, Βιοχημεία και Εφαρμογές
- Μοριακός Σχεδιασμός και Μοντελοποίηση – Χημική Εκπαίδευση