يتكون قطاع التعليم العالي اليوناني من قطاع الجامعات الذي يضم 24 جامعة حكومية. يتراكم ائتمان هذه المؤسسات الـ 24 المعتمدة من الدولة ويمكن تحويله في إطار نظام تحويل وتراكم الائتمان الأوروبي (ECTS). تصل مدة برامج دراسة الهندسة وطب الأسنان والصيدلة والهندسة الزراعية والغابات -إلى جانب بعض برامج دراسة الفنون الجميلة- إلى 5 سنوات (240 ECTS – 300 ECTS)، بينما تصل مدة دراسة الطب إلى 6 سنوات.

لا تعمل الكليات الخاصة في اليونان كجامعات مستقلة، إلا أنها تتعاون مع جامعات دولية رائدة من الولايات المتحدة أو المملكة المتحدة أو دول الاتحاد الأوروبي لتقديم برامج معتمدة للدراسة الجامعية والدراسات العليا. وبالتالي تؤدي هذه البرامج إلى الحصول على درجات علمية تمنحها تلك الجامعات الأجنبية مباشرة. وتتولى وزارة التعليم اليونانية مراقبة هذه الاتفاقيات إلى جانب الأحكام الإضافية لإدارة الكليات. ووفقًا للقانون اليوناني – توجيه المفوضية الأوروبية رقم 2005/36 بشأن الاعتراف المتبادل بالمؤهلات، فإن الحاصلين على الشهادات الأكاديمية من جامعات الاتحاد الأوروبي -بمن فيهم الحاصلون عليها من خلال اجتياز المراحل الدراسية في إحدى الكليات اليونانية- يحظون بالاعتراف الكامل بحقوقهم المهنية.

تؤدي الدراسات العليا إلى منح دبلوم الدراسات العليا في التخصص (درجة الماجستير). يتمثل الهدف العام للدراسات العليا في تزويد الطلاب بخيار التخصص في مجالات معينة. إن دورات الدراسات العليا متاحة أمام الخريجين اليونانيين أو الخريجين الأجانب من الجامعات اليونانية أو من المعاهد الأجنبية المعادلة المعتمدة. يتم تحديد شروط القبول ومعايير الاختيار ورسوم الدورات الدراسية وإجراءات القبول وفقًا للائحة الداخلية لبرنامج الدراسات العليا المعني. وعادة ما يتم اختيار المرشحين على أساس عملية الاختيار أو نتائج امتحاناتهم (الشفوية و/ أو الكتابية).

ورغم أن البرامج التعليمية تُقدَّم بشكل أساسي باللغة اليونانية، إلا أن عددًا متزايدًا من برامج الدراسات العليا يتم تقديمها باللغة الإنجليزية أو بلغات أخرى. تُعد معرفة لغة أجنبية واحدة أو أكثر (باستثناء اللغة اليونانية) شرطًا أساسيًا للمشاركة في برامج الدراسات العليا. وفي نهاية فترة دراستهم، يتعين على الطلاب إعداد وتقديم أطروحة الماجستير الخاصة بهم. تستمر الدورات الدراسية عادة لمدة عام ونصف (ثلاثة فصول دراسية)، شاملة وقت تحضير الرسالة. وبهدف تعزيز تدويل التعليم العالي اليوناني، أقامت العديد من برامج الدراسات العليا علاقات تعاون مع الجامعات الأجنبية، وقامت بمنح درجات علمية مشتركة.

وقد قام مشروع الدراسة في اليونان -بالتعاون مع وزارة التعليم والشؤون الدينية اليونانية- بتطوير وصيانة البوابة الرسمية، والتي تتضمن قائمة بجميع درجات الماجستير التي تقدمها معاهد التعليم العالي اليونانية.

كما تقدم الكليات مجموعة متنوعة من برامج الدراسات العليا باللغتين اليونانية والإنجليزية، وكثير منها يتم تقديمه بالتعاون مع جامعات دولية.

تؤدي دراسات الدكتوراه إلى منح درجة الدكتوراه. يتمثل الهدف العام لدراسات الدكتوراه في التخصص رفيع المستوى في مجالات المعرفة الاستراتيجية وتعزيز البحوث الأساسية في مختلف المجالات العلمية، وذلك بهدف تعزيز القاعدة العلمية للبلاد. وفي حالة الجامعات التي تقدم برامج الدراسات العليا، سيكون من الضروري أن تحصل على دبلوم الدراسات العليا كي تحصل على درجة الدكتوراه. يُمنح الإذن بإعداد أطروحة دكتوراه في الجامعات التي لا تقدم برامج دراسات عليا منتظمة للمتقدمين الذين يستوفون شروطًا مُسبقة معينة، وتحدد الأقسام نفسها شروط القبول.